Você pode ajustar a qualidade da imagem que é usada quando o scanner é convertido em um arquivo alterando essa configuração no diálogo de salvamento. Usar uma baixa qualidade resultará em um arquivo de tamanho pequeno, mas pode mostrar alguma desfocagem e blocagem na imagem. Uma qualidade alta manterá todas as informações digitalizadas, mas exigiria um tamanho maior de arquivo. Veja a página do Wikipédia sobre compressão Lossy para mais informações.